Il y a de cela quarante ans, les cylons (des machines conçues à la base par les humains) se rebellèrent et leur fit la guerre. Un traité de paix fut alors signé par les deux partis, et personne ne revu les cylons depuis.

Quarante ans plus tard, le dernier vaisseau Humain, le Galactica, vient d'être démilitarisé et transformé en musée. Les 12 colonies sont alors en paix, jusqu'au moment où les cylons décideront de revenir et de lancer une attaque surprise qui détruira toutes les colonies terriennes existante à ce jour. Afin de survivre, le Galactica et une soixantaine de vaisseau seront remis en état de marche et constitueront une flotte.

Le seul moyen de survivre, sera alors de fuir et de retrouver la légendaire et 13ème colonie: une planète appelée « Terre » qui aurait, selon la légende, quittée l'alliance des douze colonies quelques heures après sa création.